La 26 iunie 1979 (ziua de naștere) după 24 de ani de caterisire, obținu aprobarea de a sluji oficial. Fu trimis la Mănăstirea Cernica, unde i se permise să slujească odată pe săptămână iar în 1980 i se dadu voie să oficieze Sf. Liturghie la Mănăstirea Plumbuita din București, de data aceasta, în fiecare duminică și în zilele de sărbătoare. Aici reuși oarecum, să continuie Lucrarea sa duhovnicească de mântuire a oamenilor, prin spovedanie și împărtășanie mai frecventă, până în 1989.

Se redeschide Mănăstirea Vladimirești, dar Părintelui Ioan nu i se dădu voie să vină. Rămase la Plumbuita unde stareț era Simion Tatu – fiul duhovnicesc al Părintelui Ioan. În 1991 fu transferat la Mănăstirea Recea, lângă Tg.Mureș, și era considerat cel mai mare Duhovnic al Ardealului și chiar al întregii Biserici, devenind un adevărat “arbitru al eleganței” – al lui Hristos – pe pământ, având aceiași naturalețe ce l-a caracterizat toată viața.

A predat la Facultatea de Teologie Ortodoxă din Alba Iulia, din postura de teolog autentic, adică, nu numai vorbește despre Dumnezeu ci și trăiește în Dumnezeu cu care s-a unit. A dobăndit Rugăciunea inimii” încă din tinerețe, dar a desăvârșit-o, ajungând la stadiul de “clarvedere”. În 1991-2006 asistă în tot acest timp la imaginea dureroasă, a unei lumi ce se predă treptat, neputincioasă în fața răului. Colectivul mănăstirii îl protejează, ținându-l în chilie și îndemnând vizitatorii să-și caute alt duhovnic. Însă Părintele Ioan, chiar bolnav fiind, iese întotdeauna – la Sf. Liturghie, spunând: “Îmi iubesc nespus neamul acesta și vreau să-i slujesc cu orice preț, până la capăt!”

Moare pe 17 mai 2008, la Mănăstirea Recea.